本校鑒於國內產業情勢瞬息萬變，乃於民國89年7月成立企業管理學系，在加入WTO之後，國內企業勢將面臨更激烈的競爭，各企業對管理人才需求殷切；而本校毗鄰台南科學園區，為配合國家當前建設與未來發展的需求，特延攬海內外學者設立企業管理學系，以培養精通企業管理與兼具實務導向的管理人才為目標，冀能促進南台灣之經濟發展與改善企業經營管理效率。 本系創立現邁入第十六年，共有專任教師八位。 目前本系本學年共計十班：包括大學日間部四班、大學進修部四班 ，二年制假日在職專班二班，學生約二百七十位。